Las Clarisas Capuchinas fueron fundadas por la dama catalana María Lorenza Longo, terciaria franciscana. Después de toda su vida dedicada al servicio de los pobres y enfermos en el Hospital de los Incurables de Nápoles, ella decidió establecer un monasterio bajo el nombre de Santa María de Jerusalén, para dedicarse por completo a la oración, la penitencia y el retiro.
En 1535, con la bula papal Debitum pastoralis officii el Papa Pablo III aprobó la fundación del Monasterio. En 1538, lo reconoció como «Monasterio de estricta observancia de la Orden de Santa Clara» y confió su cuidado pastoral a los frailes capuchinos.
En 1623, el noble monseñor Giovanni Antonio Fuccioli escribió su testamento y dejó un tercio de sus propiedades para la construcción de un monasterio de clarisas capuchinas en Città di Castello.
Después de su muerte, el obispo Evangelista Tonioli eligió la parroquia de San Ángelo como un lugar adecuado. De hecho, de acuerdo con las normas post-tridentinas, era obligatorio que los monasterios estuvieran ubicados entre las murallas de la ciudad.
El edificio se completó en un período de doce años y refleja los espacios y los criterios de construcción establecidos por las Instructiones fabricae ecclesiasticae de San Carlo Borromeo.
El 2 de julio de 1643, catorce jóvenes sin dote u otros ingresos fueron admitidas a la vida religiosa. La naciente comunidad fue confiada a la Hermana Costanza Danzetti y a la Hermana Cristina Ansidei, las dos madres fundadoras elegidas del monasterio de Perugia, uno de los primeros monasterios que abrazaron la reforma de las Clarisas Capuchinas.
